El ciclo del nitrógeno es el proceso por medio del cual se establecen colonias de bacterias beneficiosas que eliminan los desechos orgánicos generados por los peces. El principal producto de desecho que se genera en un acuario es el amoniaco, que en cantidades altas puede matar a tus peces. En un acuario establecido hay un grupo de bacterias que procesan el nitrógeno en nitritos, que también pueden ser tóxicos para tus peces y otra clase de bacterias que lo transforman en nitratos mucho menos tóxicos que los anteriores. Los nitratos en el acuario marino se pueden eliminar mediante otra variedad de bacteria, o bien con la implementación de algunas macro algas, aditivos, reactores, etc.